1812 m. pastatyta Žilinų dvaro koplyčia. 1862 m. atnaujinta. 1908 m. įkurtas Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. 1924 m. įkurta parapija, paskirtas klebonas Kazimieras Meškėnas.
1927 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Galutinai įrengta ir dekoruota klebonų Česlovo Krivaičio ir P. Barčinsko po Antrojo pasaulinio karo.
Petras Liutkus (g. 1904 m.), Žilinuose klebonavęs 1934–1944 m., Kirdeikiuose 1944 m. areštuotas, mirė Vorkutoje 1946 m. Po jo klebonavęs Donatas Linartas (1874–1950) 1946 m. nuteistas 10 m. kalėti, mirė Pravieniškėse.