Židikai 1614 m. dovanoti Kražių jėzuitų kolegijai. 1636-1773 m. veikė jėzuitų misija. Apie 1636 m. pastatyta medinė koplyčia. Jėzuitai bažnyčiai 1671 m. dovanojo 4 valakus žemės. Bažnyčia pastatyta 1688 m. 1792 m. įsteigta altarija.
1821 m. pastatyta dabartinė akmenų mūro bažnyčia su šiaudiniu stogu. Laikinoji bažnyčia dar stovėjo; buvo Pikelių parapijos filija. 1842 m. pastatyta varpinė, nugriautas medinis bažnyčios bokštelis. 1850 m. minima parapinė mokykla. 1853 m. įkurta parapija. Pagal architekto Jono Muloko projektą kunigo Vaclovo Martinkaus rūpesčiu kapinėse 1940-1941 m. pastatyta mūrinė koplyčia. Joje palaidota rašytoja Marija Pečkauskaitė.
Šiuo metu Bažnyčios klebonas yra kun. Egidijus Jurgelevičius, zakristijonu dirba (nuo 1981 m.) K. Malakauskas.