Viduramžių ir ankstyvųjų naujųjų laikų Bažnyčia buvo ne tik religinė, bet ir teisinė institucija, todėl ji taikė įvairias bausmes, kurios šiandien atrodo žiaurios ir nežmoniškos. Kelios istorinės bausmės, įvykdytos Bažnyčios vardu:
1. Sudeginimas ant laužo – Žanos d’Ark byla (1431 m.)
Žana d’Ark, žinoma kaip Prancūzijos nacionalinė didvyrė, buvo apkaltinta erezija ir raganavimu. Bažnyčios teismas, kontroliuojamas Anglijos interesų, nuteisė ją mirties bausme sudeginant gyvą ant laužo. Ji buvo kaltinama dėl regėjimų, kuriuose, kaip teigė, jai pasirodė šventieji, taip pat dėl vyriškos aprangos, kuri laikyta nuodėme. Šis procesas buvo aiškiai politiškai motyvuotas, tačiau pateiktas kaip religinis teisingumas. Žana buvo sudeginta gyva Ruano mieste, o jos kančia tapo vienu žiauriausių Bažnyčios vykdomų nuosprendžių simboliu.
2. Inkų kunigų kankinimai (1530–1540 m.)
Po ispanų užkariavimų Lotynų Amerikoje Bažnyčia siekė sunaikinti vietinių tautų religines tradicijas. Inkų kunigai ir šventyklų tarnai buvo laikomi pagonimis, todėl su jais elgtasi ypač žiauriai. Daugeliu atvejų kunigai buvo viešai kankinami, siekiant priversti juos atsisakyti savo tikėjimo. Istoriniuose šaltiniuose užfiksuota, kad kai kuriuos iš jų gyvus nulupdavo odą arba prirakindavo prie altorių ir padegdavo kaip auką „tikrojo Dievo“ garbei.
3. Girolamo Savonarolos pakorimas ir sudeginimas (1498 m.)
Savonarola buvo dominikonų vienuolis, kuris viešai kritikavo Bažnyčios korupciją ir prabangą. Jis organizavo „tuštybės laužus“, kur žmonės degindavo savo turtus kaip atgailos aktą. Jo įtakingos kalbos kėlė grėsmę popiežiui Aleksandrui VI, todėl Savonarola buvo suimtas, kankinamas ir apkaltintas erezija. Po to jis buvo pakartas, o jo kūnas sudegintas ant laužo Florencijoje. Tai buvo aiški žinia tiems, kurie drįso kritikuoti Bažnyčią.
4. Raganų teismai ir mirties bausmės (XV–XVII a.)
Vienas žiauriausių Bažnyčios vykdytų procesų buvo susijęs su raganavimu. Tūkstančiai moterų buvo apkaltintos sąjungomis su velniu. Dažniausiai jos būdavo kankinamos, siekiant išgauti prisipažinimą. Po to jas nuteisdavo mirties bausme, kuri dažniausiai buvo sudeginimas gyvai. Ypatingai žiaurūs procesai vyko Vokietijoje, Anglijoje ir Šveicarijoje. Pavyzdžiui, 1585 m. Vokietijos Fuldos mieste 250 moterų buvo apkaltintos raganavimu ir gyvos sudegintos per vieną metus.
5. Vilhelmas Tindalas (1536 m.)
Vilhelmas Tindalas buvo vienas pirmųjų, išvertusių Bibliją į anglų kalbą. Bažnyčia griežtai draudė tokį veiksmą, nes jis buvo laikomas erezija. Tindalas buvo suimtas, nuteistas ir pasmaugtas. Po to jo kūnas buvo sudegintas viešai, siekiant įbauginti kitus, kurie galėtų bandyti skleisti Šventojo Rašto tekstus liaudies kalbomis.
6. Kazimiero Ligezos sudeginimas (1540 m., Lenkija)
Kazimieras Ligeza, bajoras iš Lenkijos, buvo apkaltintas Šventojo Rašto aiškinimu savarankiškai, nesilaikant Bažnyčios dogmų. Už šį veiksmą jis buvo pripažintas eretiku ir sudegintas gyvas. Jo byla parodo, kad Bažnyčia griežtai kontroliavo ne tik tikėjimą, bet ir teisę aiškinti religinius tekstus.
7. Jan Hus sudeginimas (1415 m.)
Jan Hus, čekų reformatorius, kėlė klausimus dėl Bažnyčios turtų ir indulgencijų pardavimo. Po ilgų tardymų ir atsisakymo atsižadėti savo mokymo jis buvo pripažintas eretiku ir sudegintas gyvas Konstanco susirinkime. Jo paskutiniai žodžiai buvo prašymas Dievui atleisti jo budeliams.
Bausmės iliustruoja, kaip Bažnyčia naudojosi savo valdžia ne tik tikėjimo stiprinimui, bet ir galios įtvirtinimui per baimę bei priespaudą. Istoriniuose šaltiniuose tokie žiaurumai buvo pateisinami kaip kova už tikėjimą ir moralinę tvarką, tačiau šiandien jie laikomi žmogaus teisių pažeidimais.