Žaslių bažnyčia minima nuo 1513 m. Žaslių dvaro valdytojai Mykolas ir Jonas Naciai bažnyčią atnaujino ir jos išlaikymui skyrė turtų. Bažnyčią statė fundatorių tėvas. XVII a. ji buvo sugriuvusi, pamaldos laikytos laikinoje pastogėje. 1674 m. klebonai Petras Juodzevičius ir Mykolas Senkevičius pastatė naują medinę bažnyčią. Prie jos nuo 1777 m. veikė parapinė mokykla. 1817 m. nugriauti bažnyčios bokštai, pastatytas priebažnytis.
1862 m. bažnyčia perstatyta. Dar 1885 m. norėta statyti mūrinę bažnyčią, bet valdžia neleido. Vikaras Aleksandras Burba 1882–1883 m. bažnyčioje giesmes giedojo lietuviškai, rinko lietuvių tautosaką, užrašė apie 300 dainų. Iškėlus kunigą Aleksandrą Burbą, 10 m. lietuviškų pamaldų ir pamokslų Žaslių bažnyčioje nebuvo. Klebonas Kazimieras Kybelis (1868–1902; palaidotas šventoriuje) su parapijiečiais 1897–1902 m. pastatė mūrinę bažnyčią (inžinieriaus Titenbruko projektas). Kazimieras Kybelis subūrė lietuvių bažnytinį chorą. Kunigas 1897 m. buvo skųstas caro valdžiai, persekiotas dvasinės vyresnybės.
1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Jis 1914 m. įsteigė arbatinę. 1915 m. sviediniai pramušė bažnyčios pietinę sieną, įtrūko skliautai, numušti bokštai. 1929 m. bažnyčią konsekravo vyskupas Juozapas Kukta.
1932–1946 m. pavyzdingai tvarkė parapijos reikalus, kūrė organizacijas, brolijas kanauninkas Matas Cijūnaitis (1886–1955), 1946 m. suimtas ir nuteistas. 1949 m. grįžo į Lietuvą. 1949 m. suimtas ir ištremtas klebonas Jonas Mikučionis (1898–1955). Į Lietuvą grįžo 1954 m. ligotas ir netrukus mirė. Žasliuose palaidotas istorikas, kunigas Juozapas Stakauskas (1900–1972).