Žalpiai 1616–1721 m. priklausė Raseinių evangelikų reformatų bažnyčiai. Apie 1814 m. pastatyta katalikų koplyčia, įsigytas varpas, 1815 m. – vargonai. Iki 1907 m. nuolatinio kunigo nebuvo. Viduklės klebono rūpesčiu 1896 m. Žalpių koplyčiai pakeista dalis sienojų. Kunigas Izidorius Gudavičius 1928 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. 1929 m. sausio 20 d. konsekruota. Žalpių kapinėse palaidotas žymus vargonų meistras Jonas Garalevičius (1871–1943).