1566 m. pastatyta bažnyčia. Jai skirtas Nebūtkaimio kaimas su 6 valakais žemės. 1570 m. įsteigta parapinė mokykla. 1658 m. bažnyčią apiplėšė Prūsijos kareiviai. Vištyčio seniūnas Kristupas Puzinas 1723 m. pastatė naują medinę bažnyčią. 1736 m. įkurta jėzuitų misija, tvarkiusi ir parapijos reikalus. 1777 m. atkurta parapinė mokykla.
1829 m. pastatyta nauja mūrinė bažnyčia. Klebonas Augustinas Vaišnora (1816–1888) už ryšius su sukilėliais 1864 m. 12 m. išsiųstas į katorgą. 1883 m. patvirtintas architekto Liučinskio bažnyčios padidinimo projektas (sąmatinė vertė 13 609 rb). 1885 m. padidinta, 1887 m. konsekruota pavyskupio Juozapo Oleko.
1907 m. įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius (pirmininkas kunigas J. Krokininkas), kuris 1910 m. įsteigė biblioteką – skaityklą. Lietuviams reikalaujant Seinų vyskupas 1909 m. nurodė kas ketvirtą sekmadienį bažnyčioje giedoti lenkiškai, o kitus – lietuviškai. Sulenkėję miestelėnai trukdydavo lietuviams giedoti, 1910 m. balandžio 3 d. bažnyčioje sukėlė muštynes.
Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia apgriauta, po karo atstatyta, 1978 m. išdažyta.