Višakio Rūdoje 1817 m. pastatyta medinė bažnyčia, Zapyškio parapijos filija. 1867 m. paskirtas klebonas Juozas Strimavičius rado apgriuvusią bažnyčią. Jis gavo leidimą ją remontuoti, bet 1883 m. pastatė naują dabartinę medinę bažnyčią. Ją 1885 m. konsekravo pavyskupis Juozapas Olekas. Kunigas Feliksas Martišius 1910 m. įkūrė „Žiburio“ draugijos skyrių, įsteigė biblioteką – skaityklą, pastatė parapijos salę. 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Po 1915 m. įkurta parapija. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia suremontuota. Klebonija nusavinta, klebonas Gvidonas Dovidaitis 1978 m. pastatė naują mūrinę kleboniją.