Viekšnių bažnyčią XVI a. pabaigoje pasisavino evangelikai reformatai. Bažnyčiai 1626 m. dovanotas Milių kaimas. 1634 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. 1680 ir 1816 m. atnaujinta.
1841 m. patvirtintas inžinieriaus Keršteino mūrinės bažnyčios projektas. 1854 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Altoriai perkelti iš senosios.
1915 m. birželio 14 d. vokiečių artilerija bažnyčią padegė ir sugriovė. Klebono V. Jarulaičio rūpesčiu 1915 m. pastatyta laikina. Kunigas Valentinas Gudavičius su parapijiečiais bažnyčią 1921 m. atstatė. Atstatant stengtasi išsaugoti jos pirmykštę išvaizdą. Langai pasiaurinti, padaryti 2 nauji. 1939 m. spalio 23 d. bažnyčios bokšte kilo gaisras, nukrito varpai.