Jurgis Vidiškis 1562 m. Vidiškių filijai dovanojo 300 grašių. 1664 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. XVIII a. pabaigoje veikė parapinė mokykla. Iki 1840 m. bažnyčia sudegė. Vietoj jos pastatyta laikina medinė (be grindų). Šventupio ir Vidiškių savininkas, Ukmergės apskrities bajorų maršalka Anupras Koska 1844 m. pradėjo statyti mūrinę bažnyčią. Dėl lėšų stokos darbai 1849 m. nutrūko. Vyskupas Motiejus Valančius 1851 m. ragino tęsti statybą. 1856 m. įkurta parapija.