Manoma, kad bažnyčia Varniuose pastatyta apie 1414–1416 m. Ji 1417 m. konsekruota. 1524 m. parapinei bažnyčiai dovanotas Saušilio kaimas. Vėlesnė bažnyčia statyta 1764 m. 1804 m. pakeisti jos sienojai. Varniuose nuo 1803 m. klebonavo poetas Kiprijonas Juozapas Nezabitauskis-Zabitis (1779–1837). Iškėlus iš Varnių vyskupą, Šv. Aleksandro bažnyčia 1864 m. tapo Senųjų Varnių parapine bažnyčia. Jai priklausė Varnelės dešinėje pusėje gyvenantys katalikai. Bažnyčia 1949 m. paversta sandėliu, vėliau parduotuve. 1991 m. grąžinta katalikams.