Vainute 1606 m. pastatyta medinė bažnyčia, prie jos įsteigta parapinė mokykla. 1770 m. pastatyta nauja bažnyčia. Jai 1806 m. priklausė Galnės kaimas (17 valakų). Vainute 1841 m. gyveno 3 kunigai, klebonas gavo 69,3 rb per metus. Per miestelio gaisrą 1853 m. bažnyčia sudegė, 1856 m. pastatyta mažesnė medinė bažnyčia. Ją vyskupas Motiejus Valančius išpeikė, paragino statyti mūrinę, pažadėjo parūpinti projektą.
1860 m. bažnyčia pradėta statyti. Inžinieriaus Dambrausko projektas per 1863 m. sukilimą dingo. Valdžia 1864 m. statybą sustabdė. Po įvairių prašymų 1866 m. leista statyti. 1869 m. bažnyčia pastatyta ir įrengta. Ją 1883 m. konsekravo vyskupas Mečislovas Paliulionis.