Vilniaus raj Šv. Stepono parapijos klebonas 1813 m. Vaidotų kaime (1 km į pietus nuo Baltosios Vokės, Vokės kairiajame krante) pastatė koplyčią. Hilarijus Lenskis ir Vladimiras Lenskis 1910 m. Baltojoje Vokėje pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. 1921 m. įkurta Vokės parapija. Nuo 1949 m. klebonavęs garbės kanauninkas Leopoldas Chomskis (1885–1982), (palaidotas šventoriuje) 1979 m. bažnyčią suremontavo.
Anksčiau bažnyčia buvo vadinama Baltosios Vokės Šv. apaštalo Pauliaus Atsivertimo bažnyčia.