Vadaktuose 1744–1773 m. veikė jėzuitų misija. Jėzuitai buvo įsirengę koplyčią. Dvaro savininkai Juozas Juodkevičius ir Bogumila Juodkevičienė 1797 m. pastatė medinę bažnyčią. Jai paaukojo 29 margus žemės ir 1000 talerių (1350 sidabro rublių vertės). Dvaro savininkai Agota Liudkevičienė ir Zigmantas Liudkevičius 1883 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. 1890 m. gegužės 22 d. ją konsekravo vyskupas Mečislovas Paliulionis.