Iki 1595 m. Upytėje pastatyta evangelikų reformatų bažnyčia. Ji sunyko po 1665 m., mirus paskutiniam Čičinskų giminės palikuoniui. Upytės katalikų koplyčiai 1742 m. paskelbti atlaidai. Nuo 1849 m. rašytos metrikų knygos.
Klebonas Felicijonas Bytautas su parapijiečiais 1878 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. 1895 m. įsigyti Kryžiaus kelio stočių paveikslai. 1927 m. stogas apdengtas skarda. 1937 m. nudažytas bažnyčios vidus ir išorė.