Upynos bažnyčia 1688 m. buvo Šilalės, XVIII a. – Kaltinėnų, nuo 1804 m. – Girdiškės parapijos filija. 1705 m. bažnyčia sudegė, 1706 m. atstatyta, 1834 m. vėl sudegė.
1835–1836 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Jai varpai atvežti iš uždarytos Raseinių karmelitų bažnyčios. 1864 m. areštuotas ir ištremtas Upynos filialistas Antanas Bogušas (mirė 1871 m. Tobolske). 1913 m. bažnyčia padidinta. 1926 m. įkurta parapija.