Pirmoji bažnyčia Tryškiuose pastatyta XVI a. pradžioje. Nėra tikslių duomenų, kaip ji atrodė, tačiau žinant to meto bažnyčių statymo Žemaitijoje tradicijas, galima įtarti, jog tokioje gyvenvietėje kaip Tryškiai, galėjo būti pastatyta rąstinė, nedidelė, labiau koplyčią primenanti bažnyčia.
Yra aiškių duomenų, jog užėjus protestantizmo bangai, XVI a. pabaigoje tryškiu valdę didikai Šemetos tapo protestantais, išvarė katalikų kunigą ir atidavė bažnyčią į protestantų rankas. Pastarieji visiškai apleido bažnyčią, jos neprižiūrėjo. XVII a. pradžioje Tryškius pradėjęs valdyti Žemaičių seniūnas Andrius Valavičius 1611 m. gruodžio mėnesį kreipėsi į Lietuvos – Lenkijos valstybės karalių Zigmantą Vazą su prašymu Tryškiuose atkurti katalikų bažnyčią ir parapiją. Karalius davė tokį leidimą. Dar tais pačiais metais A. Valavičius dovanojo bažnyčiai 91 valaką žemės.
Vis dėlto po protestantų valdymo laiktarpio bažnyčia buvo labai apleista, menkai tiko religinėms apeigoms. XVIII a. pradžios Žemaičių vyskupo informaciniame laiške popiežiui rašoma, jog Tryškių Švč. Trejybės titulo bažnyčia yra tokios prastos būklės, kad būtina statyti naują.
1751 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia, kurios statymu rūpinosi klebonas Stanislovas Burneikis. Bažnyčia statyta vietinių meistrų. 1755 m. gegužės 28 d. ją pašventino Žemaitijos sufraganas Mykolas Chomianskis. 1804 m. šalia bažnyčios pastatyta varpinė. Jos statytojas – Žemaičių vyskupystės kancleris, Tryškių klebonas Kasperavičius. Tais pačiais metais prie bažnyčios įkurta špitolė. 1820 m. bažnyčiai priklausė šie kaimai: Stakminiai, Sukančiai, Užvėdarė, Vainočiai. 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.