Lietuvos didysis kunigaikštis Vytautas trims Trakų kunigams išlaikyti 1409 m. paskyrė Bezdežo valsčių (Pinsko apylinkėse), o mokyklos prižiūrėtojui paskyrė atlyginimą. Žygimantas Senasis 1524 m. prie Trakų parapinės bažnyčios įsteigė prepozitūrą (valdymas katedros klebono teisėmis). Jai išlaikyti paskirta Eišiškių parapija. XVI a. bažnyčia buvo gotikinė, halinė, bebokštė. Per karą 1655 m. apgriauta. Po 1670 m. suremontuota.
1700 m. iš pietų pristatyta Remerių šeimos koplyčia. XVIII a. pradžioje per Šiaurės karą bažnyčia gerokai apgriauta. Iki 1718 m. atstatyta ir rekonstruota: pristatyti bokštai, paaukštinta centrinė nava, bažnyčia įgavo baroko bruožų. 1794 m. bažnyčia sudegė, 1796 m. ir vėliau restauruota, 1822, 1840, 1858 ir 1867 m. remontuota. 1900 m. žaibas uždegė bažnyčią. 1902 m. aptvertas šventorius.