Tirkšlių bažnyčiai 1612 m. dovanota žemės. 1616 m. Lietuvos didysis kunigaikštis Zigmantas Vaza paragino Tirkšlių seniūną E. Fitingą pastatyti bažnyčią. 1750 m. įsteigta parapinė mokykla.
1766 m. pastatyta nauja bažnyčia. Tirkšlių klebonas Petras Lukauskis po 1863 m. sukilimo ištremtas į Tobolską, nuo 1871 m. gyveno Kazanėje. 1936 m. liepos 1 d. bažnyčia sudegė.
1937-1939 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Statyba rūpinosi kunigas Antanas Kiela (1899-1983), (palaidotas Tirkšlių kapinėse netoli koplyčios). Jis 1950-1955 m. ištremtas į Rusiją. Klebonas Bronislovas Burneikis (1923-1991) pastatė kleboniją.