Telšių parapija įkurta 1536 m. Manoma, kad tada buvo pastatyta bažnyčia. Jai 1547 m. dovanotos 6 šeimynos ir 3 smuklės, 1612 m. – Eigirdžių kaimas. 1612 m. įsteigta parapinė mokykla. Bažnyčia 1700 m. atstatyta, 1788 m. perstatyta. Parapinės bažnyčios fundacinės pajamos 1803 m. paskirtos Varnių kunigų seminarijai.
1815 m. bažnyčia buvo begriūvanti ir dėl to uždaryta. Varnių seminarija 1815 m. pastatė laikiną bažnyčią. Telšių seniūnas privalėjo remontuoti ir statyti bažnyčią. Žemaičių vyskupas, norėdamas priversti valdžią pastatyti bažnyčią, iškėlė teismo ieškinį. Bylinėtasi nuo 1811 iki 1844 m. Telšių policijos įsakymu 1831 m. nugriauta suirusi parapijos, o 1836 m. ir laikina bažnyčia. Parapinės bažnyčios vietoje 1864–1867 m. pastatyta mūrinė Telšių Šv. Nikolajaus cerkvė. Sklypą, kuriame stovėjo cerkvė, 1919 m. pasiėmė valdžia. Žemės reformos komisija sklypą su cerkve 1922 m. perdavė stačiatikiams. Telšių vyskupija 1926 m. iškėlė bylą dėl sklypo ir cerkvės grąžinimo katalikams. Lietuvos vyriausiasis tribunolas 1932 m. kovo 14 d. cerkvę su 1,5 ha sklypu priteisė katalikams. Telšių kurija privalėjo atlyginti stačiatikiams už šiame sklype esančius pastatus. 1935 m. spalio 30 d. buvusioje cerkvėje įrengta bažnyčia pašventinta.