Ratkūnų dvaro savininkas Antanas Kamarauskas Suvainiškyje 1782 m. pastatė medinę bažnyčią ir paskyrė 2 valakus ir 28 margus žemės. Kamarauskai į Suvainiškį pakvietė reguliariuosius atgailos kanauninkus. 1783 m. įsteigta parapija. Rusijos valdžia 1832 m. uždarė vienuolyną ir bažnyčią, panaikino parapiją. Antanas Kamarauskas 1836–1838 m. prašė leisti jo dėdės statytai bažnyčiai veikti kaip filijai. Apie 1840 m. į Suvainiškį vėl paskirtas kunigas. 1849 m. bažnyčios kampinis bokštas buvo pasviręs, begriūvantis.
Klebono Antano Mackevičiaus rūpesčiu 1862–1863 m. pastatyta dabartinė akmenų mūro bažnyčia. A. Mackevičių, įtartą palaikius 1863 m. sukilėlius, Rusijos valdžia ištrėmė į Tobolsko guberniją (į Lietuvą grįžo 1870 m.). 1933 m. bažnyčią konsekravo vyskupas Kazimieras Paltarokas. Tarpukariu parapijai iš Ratkūnų dvaro skirta 8 ha žemės. Kunigo Stepono Ramanausko iniciatyva 1939–1940 m. pastatyta nauja prieglauda. Joje įrengta salė. Iki Antrojo pasaulinio karo bažnyčios bokštuose kabėjo 3 varpai. Per karą 2 varpai išvežti į Rokiškį (negrąžinti). Po 1947 m. ir 1982 m. bažnyčia remontuota.