Pirmąją bažnyčią 1590 m. pastatė Jeronimas Valavičius. Jai 1591 m. patvirtinta fundacija: 2 valakai žemės, Bražiškių kaimas ir 2 sklypai mokyklai. Bajorai įpareigoti klebonui kasmet mokėti po 10 zlotų nuo valako žemės. 1655 m. bažnyčia apgriauta, netrukus atstatyta. 1668 m. minimas Kumpiniškio, arba Bražiškių, klebonijos palivarkas.
1669 m. minima Subačiaus Kumpiniškio bažnyčia. Ji buvo medinė, stačiakampė, turėjo 3 altorius. 1674 m. konsekruota. Nuo 1777 m. veikė parapinė mokykla. Subačiuje 1791–1792 m. kunigavo poetas Antanas Strazdas. 1832 m. bažnyčiai priklausė Budrionių ir Račiupėnų kaimai.
1879 m. prašyta leisti statyti naują mūrinę bažnyčią. Po pakartotinių prašymų leidimas gautas 1881 m. Pastatytą bažnyčią 1884 m. gegužės 22 d. konsekravo vyskupas Mečislovas Paliulionis. 1888 m. išmūryta šventoriaus tvora.
1908–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Per Pirmąjį pasaulinį karą bažnyčia sužalota. Kunigo Pr. Kazlausko rūpesčiu 1925 m. suremontuota, apdengta skarda. 1918 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa. Apie 1933–1934 m. vikaro Juozo Bardišausko rūpesčiu pastatyta parapijos salė.