Skuodo 1572 m. privilegijoje miesto taryba įpareigota pastatyti naują katalikų bažnyčią, o senąją palikti. 1614 m. įsteigta parapinė mokykla. 1725 m. pastatyta nauja bažnyčia. Per 1835 m. miesto gaisrą sudegė.
1844–1847 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Luknių kaimo ūkininkų Kazimiero Dirkščio, Motiejaus Girdžiūno ir Juozapo Paulausko lėšomis 1891–1896 m. nulieti 3 varpai. 1944 m. bažnyčia apgriauta, numušti bokštai.
1945 m. paskirtas klebonas Stanislovas Vaitelis (1906–1990) bažnyčią suremontavo. Bokštai tik iš dalies atstatyti. S. Vaitelis 1949 m. spalio 9 d. areštuotas ir nuteistas. Į Lietuvą grįžo 1956 m. Nuo 1974 m. Skuodo altarista.