Pirmoji bažnyčia minima 1441 m. Siesikų (Daugailių) dvaro savininkai broliai Abraomas Siesickis, Melchioras Siesickis ir Stanislovas Siesickis 1537 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. Siesickiams perėjus į reformaciją, nuo XVI a. vidurio iki 1607 m. bažnyčia priklausė evangelikams reformatams. Ją 1680 m. konsekravo Vilniaus pavyskupis Mikalojus Slupskis. Bažnyčioje įrengti 4 altoriai. Nuo 1777 m. veikė parapinė mokykla. Bažnyčia po gaisro XVIII a. rekonstruota.