Šėtos savininkas Bagdonas Petkevičius su Steponu Kuncevičiumi 1499 m. pastatė bažnyčią, dovanojo jai beneficiją. XVI a. pabaigoje bažnyčia perduota evangelikams reformatams. Šėtos klebonas, Vilniaus kanauninkas Motiejus Ancuta 1680 m. pastatė naują medinę bažnyčią. Nuo 1777 m. veikė parapinė mokykla. Bažnyčiai sudegus, 1772–1782 m. pastatyta nauja mūrinė. Ji 1805 m. gegužės 17 d. per miestelio gaisrą sudegė.
1817 m. atstatyta. 1897 m. parengtas ir patvirtintas bažnyčios padidinimo projektas; pastatytas bokštas. 1906 m. įsteigta senelių prieglauda, 1909 m. – biblioteka. Per Pirmąjį pasaulinį karą bažnyčia apgriauta. Klebonas Jurgis Tilvytis ją suremontavo. Klebono F. Kapočiaus ir kitų rūpesčiu 1918 m. įsteigta „Saulės“ draugijos progimnazija.