Skilandžiuose (taip XVII a. pirmojoje pusėje buvo vadinami Salantai) 1630 m. Zigmanto Vazos arklininkas Mikalojus Pasamovskis pastatė bažnyčią. Jai dovanoti Ablingos, Laigių, Ližių kaimai. Vyskupas Merkelis Giedraitis įkūrė parapiją. 1667 m. paskirtas sklypas mokyklai.
1724 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia (veikė iki XIX a. pabaigos). Ji buvo su gotiškų proporcijų penkiasiene apside ir bokšteliu. 1902 m. patvirtintas architekto Karlo Eduardo Strandmano mūrinės bažnyčios projektas. Ji pastatyta 1906–1911 m. Statyba rūpinosi draudžiamos lietuviškos spaudos bendradarbis, klebonas Pranciškus Urbonavičius (1868–1941), (palaidotas šventoriuje). Darbus prižiūrėjo architektas Nikolajus Andrejevas.
1909–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybes draugijos skyrius. Salantų klebonas Pranciškus Šatkus (1901–1986), (palaidotas šventoriuje), 1945–1954 m. Sibiro tremtinys, aštuntajame dešimtmetyje bažnyčią išdažė.