Rūdninkuose 1511 m. įkurta parapija, pastatyta bažnyčia. Jai 1614 m. paskirtas palivarkas su valstiečiais ir smuklė. Per karą 1655 m. bažnyčia sudeginta. 1713 m. minima be stogo, išdaužytais 4 langais bažnyčia. Klebonija be krosnių, langų ir stogo. Rūdninkuose nelikę nė vieno valstiečio namo. Bažnyčią 1775 m. sugriovė audra. Pamaldos laikytos bernardinų palivarko koplyčioje.
1790 m. bažnyčia atstatyta, atkurta parapija. 1835 m. kulto pastatas remontuotas. Iš uždarytos Trakų bernardinų bažnyčios 1845 m. atvežtas altorius. 1884 m. bažnyčia perstatyta. Tų pačių metų valdžios surinktais duomenimis Rūdninkų parapijoje 87 proc. gyventojų kalbėjo lietuviškai, tačiau pamaldos laikytos ir pamokslai sakyti tik lenkų kalba.
Nuo 1964 m. klebonavo Leonas Lavcevičius (1895–1981), (palaidotas šventoriuje), Sibiro tremtinys.