1784 m. minima Raguvėlės koplyčia. Į ją pamaldų laikyti atvykdavo vienuoliai bernardinai iš Troškūnų. Raguvėlės dvaro savininkas Jurgis Komaras 1796 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. Mykolas Komaras 1902 m. jai skyrė 16 dešimtinių žemės, bet kunigo neišlaikė. 1924 m. įsteigta parapija. 1930 m. išdažytas bažnyčios vidus.