Pirmoji Pernaravos bažnyčia pastatyta 1671 m. Jai Jonas Milvydas dovanojo 2 margus žemės. H. Zabiela 1815 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. Ji buvo Ariogalos parapijos filija. XIX a. viduryje veikė parapinė mokykla. Vidaus reikalų ministras 1863 m. leido steigti parapiją. Formaliai filija nurodyta iki 1874 m. Bažnyčia 1913 m. remontuota, atnaujinti altoriai.