Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1522 m. XVI a. antrojoje pusėje bažnyčią pasisavino evangelikai reformatai. Iki 1614 m. ji grąžinta katalikams. LDK paiždininkis Stanislovas Beinartas Paparčiuose 1649 m. įsteigė dominikonų vienuolyną ir jam dovanojo Kazokiškių, Paparčių, Tunilų (Tunilovičių) palivarkus. Dominikonai įsteigė naujokyną, 1797 m. padidino bažnyčią (pristatė Šv. Domininko koplyčią), įkūrė pradžios mokyklą. Vienuoliai turėjo 1072 tomų biblioteką. 1782 m. vienuolyne buvo 16 kunigų, 30 klierikų, 10 brolių. 1812 m. bažnyčia ir vienuolynas apiplėšti.
1832 m. vienuolynui priklausė šie kaimai: Bekštonys, Diržonys, Klykūnai, Laukagalis, Neravai, Paaliosė, Pakalniškiai, Paparčiai, Vereikonys. 1864 m. M. Muravjovo įsakymu Paparčių vienuolynas uždarytas ir jame įkurdinti kareiviai. Vienuolyno viršininkas kunigas Silvestras Babinovskis ir kunigas Augustinas Kodelskis perduoti karo lauko teismui. Vienuolyno bibliotekoje rasta 6000 knygų. Po 2 savaičių uždaryta ir bažnyčia. Apie 1890 m. vienuolynas ir bažnyčia nugriauti. 1907 m. parengtas mūrinės bažnyčios projektas.
1915 m. į Paparčius paskirtas kunigas Jurgis Zimkus. Jo ir parapijiečių rūpesčiu 1916 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia (1 km nuo buv. bažnyčios ir vienuolyno), įkurta parapija. 1919 m. lenkų kareiviai apiplėšė Paparčių kleboną, nužudė jo šeimininkę. 1949 m. bažnyčia suremontuota.