Pakuonio bažnyčia pastatyta apie 1792 m. Tais metais vyskupas Ignotas Jokūbas Masalskis sudarė komisiją Pakuonio parapijai kurti. Jai atiteko Darsūniškio parapijos kaimai, esantys Nemuno kairiajame krante. 1819 m. minima parapinė mokykla. Bažnyčiai susenus klebonas Kazimieras Jasiulevičius-Jasulaitis su parapijiečiais 1883 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. Ją 1886 m. konsekravo pavyskupis Juozapas Olekas. Pakuonio vikaras Juozapas Šmulkštys nuo 1895 m. rėmė draudžiamos lietuviškos spaudos platinimą, knygnešius.
1898 m. per kratą atimti kunigo J. Šmulkščio rankraštiniai pamokslai, rašyti lietuviškai. Jis dvejus metus gyveno ištremtas Odesoje. 1907 m. įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius. 1910 m. įsteigta biblioteka – skaitykla. Per Pirmąjį pasaulinį karą susprogdintas bažnyčios bokštas.
1944 m. sunaikinti klebonijos trobesiai, apgadinta bažnyčia, 1945 m. suremontuota. Klebonas Pranas Lingys 1975 m. bažnyčią suremontavo. Jis persekiotas už tai, kad ant bažnyčios piliorių darbininkams leido nupiešti Gediminaičių stulpus.