1602 m. grafas Zabiela pastatė bažnyčia, vyskupas Merkelis Giedraitis paskyrė šiai bažnyčiai kunigą, o valdovas Zigmantas Vaza užrašė fundaciją. Ji buvo Alsėdžių, vėliau – Telšių parapijos filija. 1679–1842 m. Nevarėnai priklausė Telšių klebonui.
1785 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Nuo 1814 m. veikė parapinė mokykla. Blaivybės įvedimo proga 1858 m. kapinėse pastatyta akmenų mūro koplytėlė. 1911 m. įkurta parapija.