Jonas ir Konstancija Hrebnickiai 1781 m. pastatė bažnyčią. Įsteigta parapija. 1798 m. minima parapinė mokykla. 1828 m. bažnyčia sudegė, pastatyta laikina.
Konstantinas Mostovskis 1847–1848 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. Į Naują Strūnaitį 1893 m. atkeltas kunigas Juozapas Ambraziejus-Ambrozevičius bažnyčioje ėmė vartoti lietuvių kalbą. Jį 1895 m. pakeitęs kunigas Aleksandras Racevičius išsaugojo pirmtako pamaldų tvarką.
1906 m. paskirtas kunigas Jurgis Glodenis niekino lietuvių kalbą, kas antrą sekmadienį pamokslus sakė ir pamaldas laikė lenkiškai. Klebonas Juozapas Sadūnas (palaidotas šventoriuje) tikybos mokė lietuviškai. 1928–1930 m. veikė „Ryto“ draugijos skyriaus lietuviška mokykla.