Marijampolėje XIX a. pabaigoje pastatyta cerkvė Rusijos kareiviams ir dedikuota carui Aleksandrui III. Po Pirmojo pasaulinio karo Seinų vyskupas cerkvę perdavė marijonams. Šie ją pertvarkė į bažnyčią. Ji tapo Lietuvos kariuomenės bažnyčia (sekmadieniais būdavo Šv. Mišios kariams, kitomis dienomis – miesto visuomenei).
1940 m. įkurta parapija, jai paskirta miesto pietinė dalis ir keli kaimai į pietryčius nuo Marijampolės. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia uždaryta, paversta sandėliu. 1990 m. vėl pradėjo veikti.