Kvetkų filija minima 1744 m. Dvarininkai Kamarauskai Kvetkuose 1770 m. įkūrė reguliariųjų atgailos kanauninkų vienuolyną. 1769 m. įsteigta parapija. Pranciškus Kamarauskas 1772 m. pastatė bažnyčią. Ją 1777 m. konsekravo vyskupas Feliksas Jonas Tovianskis. 1848 m. pastatyta klebonija, 1884 m. – kitas parapijos gyvenamasis namas.
1875 m. bažnyčia padidinta. 1880 m. pastatyta nauja mūrinė varpinė. Per Pirmąjį pasaulinį karą trys varpai išvežti į Vokietiją. 1919 m. įsteigta pavasarininkų kuopa. Klebono Povilo Šalučkos rūpesčiu 1932 m. įsigyti du nauji varpai.