Pirmoji dvaro koplyčia Kupreliškio kapinėse pastatyta 1787 m. Raudondvario savininkė Elžbieta Kušeliauskienė 1861 m. pastatė bažnyčią. Ji turėjo 3 registrų vargonus, 2 varpus. Kunigo J. Ramono rūpesčiu 1898 m. bažnyčia išplėsta: pristatyta presbiterija ir 2 zakristijos, padidinta klebonija. Bažnyčia turėjo 3,5 ha žemės, 1904 m. Jurgis Tunaitis jai dovanojo 15 ha. 1928 m. ir 1945 m. ji suremontuota: apdengta skarda, ištinkuoti pamatai, pastatyta suolų, perdažyti altoriai.