Pirmoji koplyčia Kruopiuose pastatyta apie 1780 m. 1784 m. įsikūrė Dievo apvaizdos brolija. 1785 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. Šalia koplyčios 1786 m. pastatyta medinė bažnyčia. Iki 1800 m. kunigą išlaikė Kruopių dvaras.
1803 m. bažnyčiai dovanotas valakas žemės, įkurta parapija. Nuo 1804 m. veikė parapinė mokykla. Kruopių klebonas Jonas Levanavičius po 1863 m. sukilimo ištremtas į Tobolską. 1879 m. prašyta valdžios leidimo statyti naują mūrinę bažnyčią, kurios sąmatinė vertė 17 829 rb. Valdžia leido pamatus padėti po 2 metų, o statyti tik surinkus 9000 rb (pastatyta 1889 m.).
1944 m. bažnyčia (ir daug miestelio namų) sudegė. 1957 m. kovo 30 d. LTSR ministrų taryba leido atstatyti bažnyčią ir ji 1965 m. atstatyta.