Kiaukliuose XVI a. antrojoje pusėje buvo palivarkas, kuris priklausė Vilniaus vyskupo Šešuolių dvarui 1758 m. vyskupas Mykolas Jonas Zenkovičius naujai pastatytos Kiauklių bažnyčios altarijai dovanojo Vazgūnų kaimą su palivarku.
1817 m. senoji bažnyčia buvo perstatyta. 1858 m. jai pakeisti sienojai. 1831 m. Kiauklių bažnyčia tapo filija. 1869 m. iškėlus iš Kiauklių kunigą, valdžia neleido skirti kito dvasininko. Policija pateikė neteisingus duomenis, taip „įrodydama“, kad bažnyčia nereikalinga. 1871 m. liepos 3 d. vidaus reikalų ministras įsakė ją uždaryti ir nugriauti. Tikintieji atvykusių griauti kareivių prie bažnyčios neprileido. 1872 m. sausio 20 d. įsaku maldos namai grąžinti. Kiauklių bažnyčios gynimas sustabdė beatodairišką Vilniaus vyskupijos bažnyčių uždarinėjimą.
1906 m. patvirtintas naujos medinės bažnyčios projektas (autorius – Tomas Tišeckis). 1909 m. pradžioje komisija priėmė pastatytą bažnyčią, joje leista rengti pamaldas. 1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.