1796 m. minima nauja Kazliškio koplyčia, kuri XIX a. antrojoje pusėje sugriuvo. Kazliškio apylinkių gyventojai 1901 m. prašė konsistorijos leidimo pasistatyti koplyčią. Konsistorija neleido statyti, kol nebus pastatyta Žiobiškio bažnyčia. Kazliškio dvaro savininkė A. Brazauskienė gavo Vidaus reikalų ministerijos leidimą koplyčiai statyti ir padovanojo sklypą.
1910 m. pabaigoje pastatyta medinė koplyčia. 1911 m. pabaigoje paskirtas nuolatinis kunigas, koplyčia tapo bažnyčia. Įrengti vargonai, 1915–1918 m. klebonavusiam Stanislovui Stakelei pavyko išsaugoti bažnyčią nuo sunaikinimo, buvo sugadinti tik vargonai, sugriauta varpinė. 1918 m. paskirtas klebonas Matas Nakas suremontavo bažnyčią, skarda perdengė stogą, aptvėrė šventorių. 1922 m. parapija nusipirko 12 ha žemės.
1932–1937 m. klebonavęs Juozapas Matulevičius pastatė naują kleboniją, atstatė ūkinius trobesius. 1937 m. paskirtas klebonas Jonas Lapinskas perdažė bažnyčios vidų, pastatė klausyklas. Per Antrąjį pasaulinį karą dingo dalis bažnytinių rūbų.