Kazitiškio dvaro savininkai Belikavičiai 1745 m. pastatė medinę bažnyčią ir pakvietė vienuolius unitus. Vienuolynas ir bažnyčia 1834 m. uždaryti, įrengta stačiatikių cerkvė. Vyskupas Motiejus Valančius paragino Salako kleboną pastatyti Kazitiškyje koplyčią. Ji pastatyta 1860–1862 m., 1864 m. Rusijos valdžios uždaryta.
Į Kazitiškį 1905 m. paskirtas kunigas Jonas Rimkūnas iš senosios bažnyčios pastatė kleboniją. Viename jos gale įrengė altorių ir pradėjo laikyti pamaldas. 1906–1908 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Ją 1909 m. konsekravo Žemaičių vyskupas Gasparas Cirtautas. 1920 m. bažnyčia atsidūrė Lenkijos okupuotoje teritorijoje. 1925 m. įkurta parapija. 1934 m. suburtam lietuvių chorui okupacinė valdžia draudė repetuoti. Klebonas Vincas Bobinas (Kazitiškyje nuo 1928 m.) už lietuvišką veiklą nuteistas 5 m. kalėti. 1938 m. bažnyčia suremontuota.