Šančių kapinių koplyčioje XIX a. pab. – XX a. pradžioje pamaldas laikydavo Kauno kunigai. Nuo 1909 m. kas antrą sekmadienį pradėta giedoti lietuviškai. Buvęs karinis sandėlis 1919 m. pertvarkytas į bažnyčią. Šančių parapija greitai plėtėsi, todėl kunigo Mamerto Lumbės rūpesčiu 1938 m. pastatyta ir pašventinta dabartinė mūrinė bažnyčia (pagal paprastintą archit. Algirdo Šalkauskio projektą). Bažnyčios stogo plonasienę gelžbetoninę kevalinę konstrukciją (vieną pirmųjų Lietuvoje) suprojektavo inžinierius Pranciškus Markūnas (1873–1964).