1989 m. kovo 16 d. buvo užregistruota Kauno miesto Šilainių katalikų religinė bendruomenė ir gautas Ministrų Tarybos leidimas naujos bažnyčios statybai. Ruošiantis jos statybai Vilijampolės Šv.Juozapo parapijos klebono monsinjoro Liongino Vaičiulionio rūpesčiu buvo pastatyta parapijos salė, kurioje šiuo metu yra įrengta laikina koplyčia.
1994 m. rugpjūčio 3 d. kardinolo Vincento Sladkevičiaus dekretu leista pašventinti laikiną koplyčią suteikiant „Šventosios Dvasios“ titulą ir parapijinės bažnyčios teises.
1995 m. gegužės 16 d. monsinjoras L.Vaičiulionis buvo atleistas iš Vilijampolės Šv. Juozapo parapijos klebono pareigų ir paskirtas Kauno Šilainių parapijos klebonu.
1997 m. liepos 26 d. Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius pašventino dabar statomos bažnyčios (arch. Eugenijus Miliūnas) kertinį akmenį.
Bažnyčios statybų darbai buvo pradėti 1998 metais. 2006 m. liepą baigtos mūryti sienos. Rugpjūčio mėnesį sudaryta sutartis su statybine organizacija „YIT Kausta“, kad per keturis mėnesius bus atlikti lubų ir stogo sijų betonavimo darbai. 2007 m. sausio 15 d. stogas uždengtas čerpėmis. Šiuo metu ruošiamasi vykdyti tolimesnius bažnyčios įrengimo darbus.