Jonavoje 1750 m. pastatyta medinė bažnyčia. Apie 1775 m. įsteigtas marijonų vienuolynas. Iki 1782 m. marijonai įkūrė parapinę mokyklą. Vietoj marijonų Jonavoje 1791 m. įkurdinti trinitoriai.
1791–1793 m. bažnyčia ir vienuolynas perstatyti ir išplėsti (manoma, pagal Lauryno Stuokos-Gucevičiaus projektą). Valdžia 1827 m. trinitorius iš Jonavos iškėlė. Vienuolyne apsigyveno kareiviai. Formaliai vienuolynas uždarytas 1832 m. Bažnyčioje 1830 m. pamokslai daugiausia sakyti lenkiškai, tik retkarčiais lietuviškai.
1851 m. bažnyčia suremontuota. Kareiviai 1894 m. iš vienuolyno išsikėlė. 1905 m. kas antrą šventadienį pamaldos laikytos lietuvių kalba. Pastatas 1907 m. atiteko parapijai. 1909–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Klebono Petro Vaitiekūno rūpesčiu 1934–1935 m. bažnyčia suremontuota ir išdažyta, pastatyti 2 bokštai (Vaclovo Michnevičiaus projektas), nugriauta senoji varpinė. Prie bažnyčios liko mūrinis dviaukštis vienuolynas ir dviaukštė klebonija.