Jašiūnų altarijai 1515 m. paskirta žemės su 4 valstiečiais. Nuo XVI a. antrosios pusės priklausė evangelikams reformatams. Katalikų bažnyčią 1640 m. apiplėšė Jonušo Radvilos vadovaujami kariai. Ją XVIII a. pradžioje sudegino Švedijos kariuomenė.
1744 m. bažnyčia neminima. 1767 m. minima Rūdninkų filija. Vėliau bažnyčia sunyko. 1830 m. įrengta koplyčia. Jašiūnuose 1864 m. gyveno Jašiūnų dvaro išlaikomas vienuolis dominikonas. 1866 m. koplyčia uždaryta.
1929 m. pastatyta dabartinė bažnyčia. 1930 m. įsteigta parapija. Klebono Nikodemo Jauros rūpesčiu ir parapijiečių lėšomis bažnyčia 1965 m. atnaujinta.