1774 m. pastatyta medinė bažnyčia. Ji 1834 m. sudegė. Gižų dvaro savininkai 1847–1850 m. pagal italų architekto Henriko Markonio projektą pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. Prie jos veikė parapinė mokykla. Klebonas Lukas Staugaitis (1838–1913), (mirė Gižuose) 1907 m. įkūrė „Žiburio“ draugijos skyrių, kuris įsteigė biblioteką – skaityklą, 1910 m. surengė viešą lietuvišką vakarą su vaidinimu. L. Staugaitis perdirbo ir 1888 m. išleido „Lietuvišką lamentorių" (išėjo 19 leidimų).
Gižų dvare 1922–1930 m. veikė Seinų kunigų seminarija. 1938 m. bažnyčia išdažyta. 1944 m. sudegė mūriniai dviaukščiai parapijos namai su sale. Po karo bažnyčia suremontuota.