Pirmąją bažnyčią 1781 m. pastatė dvarininkas Jonas Adomavičius. Ji veikė koplyčios teisėmis, buvo Batakių parapijos filija. 1803 m. įkurta parapija. 1804 m. bažnyčiai dovanoti 2 valakai žemės. Apie 1896 m. pradėta statyti nauja mūrinė bažnyčia. Jos statyba labiausiai rūpinosi nuo 1894 metų Girdiškėje klebono pareigas ėjęs Juozapas Čerkeliauskas (1857–1926), kilęs iš Pušaloto. 1907 m. sienos buvo išmūrytos iki langų.
1909 m. gruodžio 31 d. senoji medinė bažnyčia sudegė. Pamaldos perkeltos į varpinę. Dar neįrengtoje mūrinėje bažnyčioje 1912 m. pradėta melstis. 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos ir Lietuvių katalikių moterų draugijos skyriai. Naujoje bažnyčioje 1928 m. įrengti originalūs altoriai iš ąžuolo šakų. Statyba rūpinosi kunigas Juozapas Čerkeliauskas, altorių įranga – kunigai Kazimieras Gasčiūnas ir Kazimieras Andriukaitis.
1928 m. bažnyčią konsekravo vyskupas Justinas Staugaitis. 1936 m. apmūrytos kapinės.