Gasčiūnuose XVII a. pastatyta medinė koplyčia. Iki 1786 m. ji atstatyta, 1902 m. paskirtas kunigas, koplyčia tapo filija. Kauno gubernatorius 1903 m. neleido laikyti pamaldų ir gyventi kunigui. Šis draudimas 1904 m. panaikintas. 1909 m. įsigytas varpas, įsteigta „Saulės“ draugijos mokykla. Klebono Flavijaus Žilinsko rūpesčiu bažnyčia 1931 m. padidinta ir pašventinta.