1522 m. minima parapinė bažnyčia. Manoma, kad ji sunyko per reformaciją, kadangi XVII a. jau neminima. Dusmenų dvaras 1667–1831 m. priklausė Pažaislio vienuoliams kamalduliams. Jie pastatė koplyčią (minima 1744 m.), joje 1797 m. laikydavo pamaldas. Vienuoliai 1818 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. 1825 m. įkurta parapija.
1863 m. liepos 21 d. areštuotas klebonas Steponas Gailevičius. Jis po mėnesio kalėjime mirė. Dusmenų bažnyčioje vargonininkavo Miko ir Kipro Petrauskų tėvas. Iki 1915 m. rengtasi statyti mūrinę bažnyčią, buvo vežami akmenys, bet sutrukdė karas. Klebono Juozapo Čapliko rūpesčiu bažnyčia 1920 m. apdengta skarda, klebono St. Smolinsko ir parapijiečių – suremontuota bažnyčia ir altoriai. Per Antrąjį pasaulinį karą ir po jo Dusmenyse klebonavo Jonas Žvinys. Jis rėmė rezistencijos dalyvius, už tai buvo nuteistas 25 m. kalėti. Iškalėjęs Intoje 10 m. grįžo į Dusmenis ir iki 1983 m. buvo Dusmenų parapijos klebonas.