Apie 1620 m. Darbėnuose pastatyta koplyčia, XVII a. kunigo neturėjo. Koplyčiai skirti žemės sklypai 1665 ir 1735 m. atimti. 1737 m. vėl duota žemės, paskirtas kunigas. Po 1740 m. įkurta parapija.
1782 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia, 1831 m. per sukilėlių kovas sudegė. Pamaldos laikytos Darbėnų dvaro klėtyje. Pagal Fridricho Gasbeno projektą 1838–1842 m. pastatyta dabartinė bažnyčia. Darbėnų klebonas Jurgis Valašinskis po 1863 m. sukilimo ištremtas į Sibirą (mirė 1893 m. Omske). 1886 m. bažnyčia iš dalies perstatyta, pristatytas medinis bokštas, 1911 m. perstatytas. 1908–1911 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.
1935 m. spalio 24 d. bokšte kilo gaisras, bažnyčia sudegė. Pamaldos perkeltos į parapijos salę. 1936 m. bažnyčia atstatyta. 1997 m. šalia bažnyčios šventoriaus pastatyta skulptūra vienuolio saleziečio Petro Perkumo atminimui.