Čiobiškio dvare buvo koplyčia. Dvarininkai Šveikauskiai pastatė bažnyčią kitoje vietoje. 1717 m. ji buvo Musninkų filija. 1782 m. įkurta parapija. XVIII a. buvo parapinė mokykla. XVIII a. pabaigoje bažnyčia sudegė.
Šveikauskiai, 1794 m. parduodami dvarą Pilsudskiams, įpareigojo juos pastatyti naują bažnyčią. Nauja mūrinė bažnyčia pastatyta 1810–1816 m. (manoma, kad ją projektavo Laurynas Stuoka-Gucevičius, tačiau jo autorystė dokumentiškai nepatvirtinta). Vilniaus vyskupas Eduardas Ropas 1907 m. bažnyčią konsekravo. Lietuviškas pamaldas pradėjo laikyti kunigas Stanislovas Šlamas. Jis per knygnešius tikinčiuosius aprūpino lietuviškomis maldaknygėmis.
1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Klebonas Liudvikas Puzonas (1911–1988) 1946 m. nuteistas 15 m. kalėti už tai, kad klausė partizanų išpažinčių.