Dvarininkas Jurgis Gedgaudas Mackevičius 1626 m. pastatė mūrinę bažnyčią, klebonui išlaikyti dovanojo 20 dešimtinių žemės. 1625 m. bažnyčiai dovanotas Šedvydžių kaimas (dabar Kelmės rajone.
1805 m. Čekiškės klebonas dėl šio kaimo ribų bylinėjosi su Kelmės dvaro savininkais Gruževskiais). 1799 m. bažnyčia sudegė. Jos vietoje klebono iniciatyva 1821 m. išmūryta ir pailginta dabartinė bažnyčia, pristatytas bokštas. 1805 m. prie bažnyčios buvo prieglauda – ligoninė. XIX a. (iki 1863 m.) veikė parapinė mokykla. Čekiškės vikaras Aleksandras Vytartas už tai, kad bažnyčioje perskaitė 1863 m. sukilėlių atsišaukimą, buvo sušaudytas.
1909–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Bažnyčia 1935 m. perstatyta.